История этого праздника насчитывает более тысячи лет. В древности в «третий день третьей луны» или «день змеи» японцы совершали магический обряд хина-окури, спуская по реке особых бумажных «кукол, спускаемых по реке» . По поверью, эти куклы, плывущие в маленьких плетёных корзинках, уносили с собой все болезни и несчастья, вместе со злыми духами, которые их вызывали. Этот древний обряд, который обычно совершали женщины и девушки, в настоящее время сохранился лишь в очень немногих местах, например в префектуре Тоттори. Ритуал постепенно объединился с популярным детским развлечением, то есть с игрой в бумажные куклы и к концу эпохи Эдо, куклы хина нингё обрели своё название и современный вид.

Постепенно набирая популярность, со второй четверти XVIII века Хинамацури стал национальным праздником, как считается, во многом благодаря тому, что восьмой сёгун династии Токугава — Ёсимунэ, имел много дочерей. Праздник, праздновавшийся в начале лишь при императорском дворе и в знатных домах, впоследствии получил повсеместное распространение.